Rapidement distancé par le Bayern Munich en 2012-2013, avec 12 points de retard à la trêve hivernale, l’équipe de Jürgen Klopp connaît davantage de succès en Ligue des champions, terminant première de son groupe relevé face au Real Madrid, Manchester City et l’Ajax. Malgré un retard cumulé de 25 points à la fin de l’édition 2012-2013, Dortmund termine vice-champion d’Allemagne et se qualifie pour la troisième fois consécutive en Ligue des champions. En effet, il lutte jusqu’au bout du championnat pour ne pas être relégué, son club terminant à une très décevante 16e place, à seulement 5 points d’une descente en seconde division. Quelques jours plus tard, le BVB s’impose à Schalke (2-1) dans un derby de la Ruhr houleux et profite du nul bavarois à Mayence pour porter son avance à 8 points. Championnat de France : l’AS Saint-Étienne s’impose 2-1 sur la pelouse du Paris Saint-Germain. Pour son entrée en compétition lors des huitièmes de finale, le Paris Saint-Germain affronte l’AS Saint-Étienne pour la quatrième édition consécutive. Paris Saint-Germain perd 1 à 0 face au Real Madrid en match amical à Göteborg en Suède.

Il échoue en quart de finale, face au Real Madrid, qui avait été éliminé par le Borussia la saison précédente. Insatisfait des résultats depuis deux ans, le sponsor Evonik prolonge néanmoins son contrat jusqu’en 2011 mais le revoit à la baisse (6,5 millions d’euros par an). Après un été lors duquel le club a su conserver ses stars, Thomas Tuchel réussit son début de saison à la tête du club, devenant l’entraîneur qui a le mieux commencé son mandat de l’histoire du Borussia avec onze victoires en autant de matchs (remporter ses onze premiers matchs officiels est une première pour le club). Il connait un taux de succès de 72,63 % (56 victoires pour 26 nuls et 13 défaites) et n’encaisse que 80 buts au total. L’équipe, de nouveau rajeunie par les jeunes mais talentueux Kagawa et Lewandowski, affole les compteurs (43 points pris sur 51 possibles, 7 victoires consécutives, 2,17 buts par match, meilleure attaque et défense) et est championne d’automne avec pas moins de 10 points d’avance sur le 2e et 14 sur le Bayern Munich, tenant du titre. Le club parvient néanmoins à refaire son retard sur le Bayern Munich (3 points à la trêve hivernale) puis à le dépasser en février grâce à une série de 28 matchs sans défaite (record de matchs sans défaite dans une saison du Bundesliga dépassant le précédent établie à 36 matchs sans défaite sur deux saisons par le Hamburger SV – saisons 1981-82 et 1982-83). La 30e journée offre une sorte de « finale » du championnat lors de la réception du Bayern Munich, les deux équipes se tenant en trois points.

Hummels laisse une lettre pour le club et ses fans, expliquant son choix : « À la fin, j’ai choisi de commencer à réaliser un nouveau défi, dans ma ville natale, où vivent ma famille et beaucoup d’amis. Le samedi 25 mai 2013, seize ans après son succès de 1997, Dortmund dispute la deuxième finale de « C1 » de son histoire. Sous le label Borussia Dortmund GmbH & Co. En mars 2008, le Borussia Dortmund se lance dans un projet de coopération avec l’Austria Vienne qui prévoit une aide mutuelle concernant la formation des jeunes, le scouting ainsi, le recrutement d’entraineur et matchs amicaux entre les deux clubs. Il est cependant titulaire indiscutable en Copa Argentina, participant pleinement à la bonne campagne de Rosario dans cette compétition mais échouant en finale en perdant 4-3 face à River Plate. Le club réalise une campagne européenne satisfaisante en Ligue des Champions, terminant premier d’un groupe assez relevé face à Arsenal, Naples et l’Olympique de Marseille. En septembre 2003, les lourds investissements du Borussia ne sont plus assurés d’être remboursés par les droits TV du puissant groupe de Kirch, qui a fait faillite plus d’un an auparavant.

Thomas Doll, arrivé comme entraineur en fin de saison, a eu un rôle non négligeable dans le sauvetage de la relégation du Borussia, mais est critiqué la saison suivante (2007-2008), par sa direction et le sponsor principal du club (RAG), pour le manque de combativité de ses joueurs ainsi que les mauvais résultats (13e place). Lors de la saison 2013-2014, le Bayern Munich distance une nouvelle fois le Borussia, qui termine le championnat avec 71 points, à 19 points du rival bavarois. Le BVB termine la saison à la 6e place avec 59 points, soit son meilleur classement depuis quatre ans et le meilleur quota de points depuis 2002-2003. Les résultats sont néanmoins insuffisants pour se qualifier pour une coupe d’Europe puisque la 6e place n’est pas qualificative (le Werder Brême vainqueur de la coupe nationale étant 10e, ne permettant pas un report de la place qualificative sur le championnat). Avec la sélection olympique, il participe aux Jeux olympiques d’été de 2016. Lors du tournoi olympique organisé au Brésil, il joue quatre matchs. Il participe au total à quatre Copa América en 1999, 2004, 2007 et 2015, en atteignant toujours au moins les quarts de finale (15 matchs joués pour 4 buts marqués).